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我院教师在顶级SCI期刊Bioinformatics发表学术论文

发布时间:2020-09-10文章来源: 浏览次数:

网络空间安全学院院讯(通讯员:高震)2020729日,Oxford Academic旗下期刊Bioinformatics在线发表了我院嵇存美老师的研究论文(Ji Cun-Mei, Gao Zhen, Ma Xu, Wu Qing-Wen, Ni Jian-Cheng, Zheng Chun-Hou. AEMDA: Inferring miRNA-disease associations based on deep autoencoder. Bioinformatics, 2020, btaa670)。该论文以曲阜师范大学网络空间安全学院为第一完成单位,嵇存美老师为论文第一作者,倪建成教授和郑春厚特聘教授为论文共同通讯作者。Bioinformatics生物信息学领域的重要期刊之一,最新影响因子5.610,中科院分区1TOP


针对特征向量提取困难、负样本缺少以及准确率较低等问题,构建了基于深度自编码器的计算模型AEMDAAEMDA模型首先提出一种基于表征学习的方法,从集成的疾病语义相似性、miRNA功能相似性,以及对应的高斯核相似性中,分别训练两个模型学习miRNA和疾病的高维向量表示。此外,AEMDA提出了一种基于深度自编码器的关联预测模型,无需负样本信息。AEMDA根据miRNA和疾病向量表示和已知的miRNA-疾病关联训练预测模型,深度自编码器的重构误差被用作衡量miRNA-疾病相关性的评价指标。基于交叉验证和案例研究的实验结果表明,AEMDA可以有效地预测疾病相关的miRNA


全文链接:https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa670

该研究得到了国家自然科学基金的资助支持。

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